উনবিংশ শতাব্দীর ষাটের দশকে, রাজশাহীর হেদাতীপাড়ায় ছিল না কোনো শিক্ষালয়, আর ধর্মীয় বিদ্যাপীঠ তো ছিলই না। সেই সময়, যেখানে দরিদ্রতা ছিল প্রকট এবং মানুষ জীবন যাপন করতে লড়াই করছিল, সেখানে শিক্ষার আলো একদমই অনুপস্থিত ছিল। এ পরিস্থিতিতেই স্থানীয় ধর্মপ্রাণ ব্যক্তি, জনাব মুহসিন শেখ, এলাকার উন্নয়নের জন্য একটি ধর্মীয় প্রতিষ্ঠান স্থাপনের পরিকল্পনা করেন।তার এই মহৎ উদ্যোগকে সমর্থন জানিয়ে, এলাকার গণ্যমান্য ব্যক্তিবর্গ একত্রিত হন। তাদের সহযোগিতায় ১৯৬৩ সালে বসন্তের প্রথম সুরে, পাখির কলতানে ভেসে আসে দারুল হুদা ইসলামী কমপ্লেক্সের ভিত্তিপ্রস্তর। এই উদ্যোগের প্রথম শিক্ষক হিসেবে নিয়োগ পেয়েছিলেন মাওলানা ইসহাক সাহেব, যিনি মাসিক ২০ টাকায় শিক্ষকতার কাজ শুরু করেন এবং মৃত্যুর আগ পর্যন্ত এই প্রতিষ্ঠানে শিক্ষকতা করেন।১৯৭১ সালের মুক্তিযুদ্ধের ফলে কিছুদিন মাদরাসাটি বন্ধ হয়ে যায়, তবে যুদ্ধে ক্ষতিগ্রস্ত হলেও প্রতিষ্ঠানটি আবার নতুন উদ্যমে চালু হয়।